Riadenie systémov pomocou BCI je jednou z výziev pre budúce možnosti riadenia systémov.
BCI má viacero výhod ako napr. súkromie (žiadne hlasné zvuky, žiadne viditeľné gestá) a nízke výpočtové nároky (sníma a spracúva sa len veľmi málo údajov oproti napr. práci s videom).
Ale BCI má v súčasnosti tiež veľké nevýhody, napr. s ohľadom na komfort používania (treba nosiť čelenku, headset alebo čiapku) a treba vynakladať duševné úsilie (vo väčšine prípadov je nevyhnutné "generovať" riadiace signály).
Koncepcia jednoduchého systému BCI je znázornená na predchádzajúcom obrázku. Prvým krokom je získanie signálu. EEG meria elektrickú činnosť mozgu počas synaptických excitácií v neurónoch. EEG signály sú zachytené neinvazívne pomocou elektród na pokožke hlavy. Po získaní sa signály predspracujú. Vo všeobecnosti sú získané signály mozgu kontaminované šumom a inými artefaktami spôsobenými bio signálmi alebo vonkajšími signálmi, ako je napr. rušenie spôsobené elektrickými rozvodmi v miestnosti atď. Po získaní signálov "bez šumu" sa musia extrahovať príznaky mozgových signálov. Medzi najbežnejšie metódy extrakcie znakov používané v súvislosti s EEG signálmi patria napr. diskrétne ortogonálne transformácie. Po extrakcii príznakov sa aplikuje metóda, ktorá klasifikuje signál do požadovaných tried. Existuje mnoho kategórií klasifikačných techník: generatívna (Gaussian Mixture Model - GMM), diskriminačná (neurónové siete - NN, podporné vektorové stroje - SVM), neparametrické, t.j. založené na vzorkách (napr. metóda KNN, t.j. metóda K najbližších susedov), atď. Každá metóda má svoje klady a zápory, preto musí byť vybraná na základe požiadaviek na aplikáciu. Ovládacie rozhranie BCI používa klasifikačný výstup ako riadiaci signál. Používané prístupy sa dajú rozdeliť na: endogénne (založené na samoregulácii mozgových rytmov a potenciálov bez vonkajších stimulov) a exogénne (využíva neurónovú aktivitu vyvolanú v mozgu externým stimulom). Najčastejšie používané metódy zahŕňajú pomalé kortikálne potenciály (SCP), senzorimotorické rytmy, vizuálne evokované potenciály (VEP) vrátane VEP v rovnovážnom stave (SSVEP) a P300. Jednotlivé zariadenia alebo procesy je možné prevádzkovať pomocou ovládacieho rozhrania. BCI pomocou senzorimotorických rytmov používa Mí mozgové vlny, ktoré sú tvorené pri predstave pohybu (napríklad pohyb rúk). Toto je endogénna BCI. Na druhej strane, SSVEP je exogénny BCI. SSVEP je založený na vlastnosti, že vizuálny kortex "rezonoval" s frekvenciou vizuálneho podnetu, ktorý pozorovateľ spozoruje. Preto pri použití tohto spôsobu sú potrebné napr. tlačidlá ovládania pohybu na obrazovke, z ktorých každé bliká rôznou frekvenciou. Keď používateľ pozerá na konkrétne tlačidlo, signál zaznamenaný na vizuálnej kôre obsahuje túto frekvenciu, takže sa dá urobiť odhad, na ktoré tlačidlo sa používateľ pozerá. Ďalšou často používanou metódou je P300. Vychádza z toho, že pozitívny vrchol sa v EEG signáli objaví približne 300 ms po prezentácii dôležitého podnetu. Hoci sa jedná o externý stimul, P300 sa považuje za endogénny BCI, pretože vrchol výskytu nie je spojený s fyzickými atribútmi stimulu, ale odráža procesy zapojené do hodnotenia resp. kategorizácie stimulov.